细菌性肝脓肿患者的预后与其年龄、体质、原发病、脓肿数目、治疗开始的早晚、治疗的彻底性和有无并发症等密切相关。年幼及老年患者的预后较青壮年者差，病死率也高。多发性肝脓肿的病死率明显高于单发性肝脓肿。有人统计，140例多发性肝脓肿中死亡106例(75.7%)，而117例单发性肝脓肿中死亡仅28例(23.9%)。病菌的种类与毒性对肝脓肿的预后也有密切关系。由大肠埃希杆菌、葡萄球菌、链球菌、铜绿假单胞菌等细菌引起的肝脓肿病死率较高，对多种药物不敏感的菌种感染者预后也差。全身情况较差和营养不良及有明显肝功能损害者，如低蛋白质血症和高胆红素血症时，病死率更高。有并发症的肝脓肿，如膈下脓肿、脓肿破入腹腔导致弥漫性腹膜炎、胆道出血，或合并脓胸或肺脓肿时，病死率增高。相反，单发性脓肿症状轻微无并发症者，预后良好。因此，对细菌性肝脓肿治疗的要求是早期诊断，早期治疗，及时使用有效的抗生素，有效的排脓，彻底处理原发病灶以及加强全身支持治疗等，可大大降低病死率。近年来由于医学科学技术的飞速发展，诊断和治疗水平不断提高，细菌性肝脓肿的发病率及死亡率已有明显下降。