十二指肠溃疡多发生于球部的前壁或后壁，直径一般<1cm。发生于球部以下的溃疡称球后溃疡，球部前、后壁同时有称对吻溃疡。胃溃疡多发生于胃小弯近幽门处，尤胃窦部，直径一般<2cm。胃和十二粘肠均有溃疡时称复合性溃疡。 典型的溃疡呈圆形或卵圆形，边缘整齐，底部平坦，深浅不一。浅者仅累及粘膜下层，深者可达肌层或浆膜层。切面呈漏斗状或潜掘状，溃疡表面常覆以纤维素性膜或伴化脓而呈灰白或灰黄，溃疡周围粘膜皱襞呈轮辐状向溃疡处集中。 镜下，活动性溃疡的底部由表面至深层分四层：①渗出层：由不等量的急性炎性渗出物如嗜中性粒细胞和纤维素等构成；②坏死层：由坏死的细胞，组织碎片和纤维蛋白样物质构成的凝固性坏死；③肉芽组织层；④瘢痕层。瘢痕层内可见中、小动脉管壁增厚、管腔狭窄及血栓形成 (增生性动脉炎)。另可见神经节细胞和神经纤维变性或增生，有时可形成创伤性神经瘤。溃疡壁处可见粘膜肌层和肌层的粘连或融合。