中日医院老年医学中心是国家临床重点专科建设项目，由姚树坤副院长牵头，彭丹涛教授作为老年中心负责人。下设心脏内科亚专业、呼吸与危重症医学科亚专业、内分泌科亚专业、神经内科亚专业、中医老年医学科亚专业及康复科亚专业，干部医疗病房隶属于老年医学中心。 心脏内科亚专业附设有心内科病房、冠心病监护病房、心功能室、超声心动室、心电图室、心导管室及心血管基础研究室。作为集医疗、科研、教学于一体的现代化临床科室，科研工作始终在科室占有重要位置，心内科是国家食品药品监督管理局指定的药物临床试验机构专业基地，先后承担了国家自然基金、首发基金、卫生部重点学科支持基金及其他科研基金10余项，参与国家级新药开发及国际多中心临床研究45余项，科研经费总额达 1200余万元，平均每年发表论文30余篇，近年来主编或参编专著20余部。曾获中华医学科技奖及卫生部、北京市多项奖项。 呼吸内科亚专业由门诊、病房、肺功能室、呼吸内镜室、过敏原诊断和脱敏治疗室、睡眠监测室、运动心肺功能室、细胞学和无创气道炎症监测室以及血气室组成。科室对常见病、多发病以及疑难少见病症的诊治已达到国内先进水平。科室曾先后多次承担和参加国家和部级重要课题研究，作为国家食品药品监督管理局（SFDA）药物临床试验专业基地，主持完成了世界上第一个SARS疫苗和人禽流感疫苗的Ⅰ期临床研究工作。 内分泌科亚专业是集临床、科研、教学为一体的综合性医学研究和实践中心，同时是该院具有全国领先地位的学科之一，先后获得国家科技进步奖二等奖（2007）、国家卫生计生委科技进步二等奖（1995）、北京市科技进步二等奖（2001）、中华医学科技进步三等奖（2001）及国际胰岛素分泌研究奖两次（2006、2007）、另外还多次获得中日友好医院科技进步奖。科室专家在国内外具有影响力的刊物上发表了大量医学论文。科室内近五年内发表在国内外核心期刊上的论文达300余篇。以第一作者或通讯作者发表文章的国际著名杂志包括Diabetes Care，N Engl J Med, Circulation，Lancet，Euro-Heart J，Nutrition Nournal，HormMetab Res，Endocrinology等。 神经内科亚专业在神经系统疾病的病因学研究、诊断和综合治疗等方面取得了出色的成绩，并在运动障碍与神经遗传疾病、脑血管病、癫痫、神经肌肉病、神经免疫病、认知障碍与痴呆、前庭功能障碍、神经视觉障碍、睡眠障碍多个专业领域开展了深入的临床与研究工作。神经内科承担卫生部部属（管）医院临床学科重点项目，参与、完成多项科技部、教育部及厅局级课题、国家自然科学基金课题、北京市自然科学基金、十五国家科技攻关课题和首都医学发展基金课题等。卫生部科研基金项目“中国Machado－Joseph病的临床病理和分子生物学研究”获得卫生部科技进步一等奖和国家科技进步二等奖。 中医老年医学科亚专业是中西医结合的临床科室，科室近年来积极开展中医药治疗睡眠障碍的理论与方法技术的创新，在理论方面，认为睡眠障碍的病因主要与气、血、阴、阳功能失调有关；在临床方面，创新治疗方法，创建了四大安神法。